Starten Sie den SyncroNaut und folgen Sie den Anweisungen des Programms, bis sie zum Hauptfenster gelangen.

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Mit "Neu/Ändern" legen Sie neue Zuordnungen an oder bearbeiten bereits bestehende Verbindungen. Nach dem Anklicken der Schaltfläche erscheint die Abfrage, ob Sie Einsteiger oder Profi sind. Wenn Sie mit dem Verfahren des SyncroNaut noch nicht vertraut sind, wählen Sie "Einsteiger". Das Programm führt Sie Schritt für Schritt durch die Einstellungen, um die Zuordnungen zu erfassen. Als "Profi" bekommen Sie alle Einstellmöglichkeiten auf einen Blick zu sehen.

Im Einsteiger- sowie im Profi-Modus müssen Sie die zu vergleichenden Quell- und Zielordner wählen. Um die Zuordnung zu synchronisieren, klicken Sie auf "Abgleichen", die inhaltliche Analyse des Quell- und Ziel-Ordners startet. Während der Analyse erzeugt die Anwendung eine Vorbereitungsliste, die alle Dateien enthält, welche Unterschiede aufweisen.